海洋生态学：主要关注海洋克隆植物（海草、大型藻类）及盐沼植物（互花米草、盐地碱蓬）群落演替及其碳封存机制，发现了海草中的植硅体，并探讨了滤食性贝类和海草互作的机制、绿潮爆发及其维持的机制，评估了大型藻类及海草植株的碳封存潜力。
养殖生态学：主要关注多营养层综合养殖系统生态承载力（养殖容量）评估及养殖模式构建，在国内较早开展了鱼类养殖容量评估、率先进行了混合养殖系统（贝类—大型藻类混合养殖系统）的养殖容量评估，评估了规模化养殖对生源要素C、N和P的生物地球化学行为以及大型底栖生物的影响，构建了网箱养殖区多元生物修复技术。
