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Biography

个人简介

吴昊，博士，副教授，博士研究生导师，中国计算机学会（CCF）高级会员（No.73301S），中国人工智能学会生命和健康专委会委员（BIIP, No.E661506634M）, 中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委委员(NCCBB,No.E441504848Z), 山东转化医学学会消化医学分会副主任委员，山东语言大数据学会副主任委员，山东生物信息学学会常务理事，担任《Current Genomics》，《CPQ Cancer》等国际期刊客座编辑，同时担任知名国际期刊《Nucleic Acids Research》、《Briefing in Bioinformatics》、《IEEE-Transactions on Computational Biology and Bioinformatics》、《Bioinformatics》、《Advanced Science》、《Briefings in Functional Genomics》、《BBA Gene Regulatory Mechanisms》等二十余家国际期刊审稿人，以及国内著名期刊《计算机科学》、《农业大数据学报》、《广西师范大学》等十余家期刊的特约审稿人；国家自然科学基金面上项目、青年项目通讯评审人；中国教育部学位中心硕士研究生毕业论文评审人。

招生信息

招生类别招生专业（2025年度招生名额）

学术型硕士软件工程，人工智能

专业型硕士电子信息-软件工程，电子信息-人工智能

学术型博士软件工程，人工智能

欢迎致力于人工智能、数据挖掘、生物医学大数据挖掘等方向科学研究的本科生毕业生及山东大学软件学院本科在读生加入研究团队，一起为人类医学和健康贡献我们人工智能和数据挖掘方面的智慧和力量。

E-mail：haowu@sdu.edu.cn

主持的部分科研项目

主持国家重点研发计划子课题、国家自然科学基金面上项目、陕西省自然科学基金、教育部人文社科基金、杨凌区科技计划项目等科研项目10余项；

（12）国家自然科学基金面上项目，肿瘤染色质三维结构异质模式挖掘方法研究，项目编号：62272278, 2023.01~2026.12，主持；

（11）国家重点研发计划子课题，基于时间累积效应与空间层次效应的病例跨时空分析方法研究，项目编号：2021YFF0704103.3，2022.01~2025.12，主持；

（10）国家自然科学基金面上项目，三维基因组调控层面的癌症致病通路挖掘方法研究，项目编号：61972322，2020.01~2023.12，主持；

（9）教育部中外语言交流中心重点项目，汉语学习智能对战平台建设，项目编号：YHJC22ZD084, 2023.01~2023.12, 主持

（8）陕西省自然科学基金面上项目，集成单细胞Hi-C和mRNA序列数据致癌调控通路挖掘方法，项目编号：2021JM-110，2021.01~2022.12，主持；

（7）中央高校基本科研业务费，基于深度学习的三维基因组调控元件检测方法研究，2021.01~2013.12，主持；

（6）陕西省自然科学基金面上项目，基于网络模型的癌症驱动通路和失调模块检测算法研究，项目编号：2017JM6063，2017.01~2018.12 , 主持；

（5）教育部人文社科交叉项目，“一带一路”语篇的话语权构建及其国际影响力研究，项目编号：18YJCZH190 ，2018.07~2021.06，主持；

（4）陕西省杨凌区科技计划项目，基于网络模型的癌症致病模式挖掘算法研究，项目编号：2017GY-03，2017.11~2019.10，主持；

（3）中央高校基本科研业务费，基于网络模型的癌症相关模式挖掘方法，项目编号：2452017342， 2017.01~2019.12，主持；

（2）博士科研启动经费，基于多源异构生物分子网络的致病基因预测，项目编号：2452017019， 2017.01~2019.12，主持；

（1）校人才基金规划项目，基于多源生物分子网络的癌症失调通路挖掘方法研究，项目编号：2452019235，2019.01~2021.12，主持。

主持和参与教学改革项目

（6）山东大学本科生院教改项目，数据结构课程思政建设与教学实践，项目编号：2021Y100，2021.01-2022.12，主持；

（5）陕西省高等教育教学改革重点项目，基于大数据的学生评教影响因素与评教机制构建，2019.8-2021.7，3/4，参与；

（4）西北农林科技大学，网络营销课程教学模式构建，2013.6-2015.6，1/4，主持；

（3）西北农林科技大学，基于语料库的专门用途英语教学平台构建，2013.6-2015.6， 4/5，参与；

（2）西北农林科技大学，程序设计实时自动批阅辅助教学平台建设，2011.6-2013.6，3/5，参与；

（1）西北农林科技大学，计算机网络应用技术课程建设与实践，2009.6-2011.6，2/5，参与。

学术论文发表：以第一作者或通讯作者发表学术期刊论文50余篇，其中SCI/EI收录40余篇，主要发表在《Genome Biology》、《Nucleic Acids Research》、《Communications Biology》、《Bioinformatics》、《Briefings in Bioinformatics》、《Engineering Applications of Artificial Intelligence》和《计算机学报》等国内外重要学术期刊；

主要十篇代表作如下：(*代表通信作者，学生第一作者）

(12) Xiuhui Yang, Koren K. Mann, Hao Wu*,Jun Ding*. scCross: A Deep Generative Model for Unifying Single-cell Multi-omics with Seamless Integration, Cross-modal Generation, and In-silico Exploration. Genome Biology, 2024, 25:198. DOI: 10.1186/s13059-024-03338-z. （SCI, IF 18.0, 中科院1区,Top期刊）

(11) Pengyu Zhang, Hongming Zhang, Hao Wu*. iPro-WAEL: A Comprehensive and Robust Framework for Identifying Promoters in Multiple Species.Nucleic Acids Research. 2022, DOI: 10.1093/nar/gkac824.（SCI, IF 19.4, 中科院1区,Top期刊）

(10) Yingfu Wu, Zhenqi Shi, Xiangfei Zhou, Pengyu Zhang, Xiuhui Yang, Jun Ding*, Hao Wu*. scHiCyclePred: a deep learning framework for predicting cell cycle phases from single-cell Hi-C data using multi-scale interaction information. Communications Biology, 2024, 7:923, DOI: 10.1038/s42003-024-06626-3. （SCI, IF 6.0, 中科院1区, Top期刊）

(9) Yao Zhang, Pengyu Zhang, Hao Wu*. Enhancer-MDLF: A Novel Multi-Input Deep Learning Framework for Identifying Cell-Specific Enhancers. Briefings in Bioinformatics. 2024. 25(2):bbae083. DOI: 10.1093/bib/bbae083. （SCI, IF 13.99, 中科院1区, Top期刊）

(8) Hao Wu*, Pengyu Zhang, Zhaoheng Ai, Leyi Wei, Fan Yang, Hongming Zhang, Lizhen Cui*. StackTADB: A Stacking-Based Ensemble Learning Model for Accurately Predicting the Boundaries of Topologically Associating Domains (TADs) in Fruit Flies[J]. Briefings in Bioinformatics, 2022, 23(2). DOI: 10.1093/bib/bbac023（SCI, IF 13.99, 中科院1区, Top期刊）

(7) Hao Wu*, Yingfu Wu, Yuhong Jiang, Bing Zhou, Haoru Zhou, Zhongli Chen, Yi Xiong, Quanzhong Liu and Hongming Zhang. scHiCStackL: A Stacking Ensemble Learning-based Method for Single-cell Hi-C Classification Using Cell Embedding [J]. Briefings in Bioinformatics, 2022, 23(1). DOI: 10.1093/bib/bbab396（SCI, IF 13.99, 中科院1区, Top期刊）

(6) Fan Yang, Shuaijie Zhang, Wei Pan, Ruiyuan Yao, Weiguo Zhang, Yanchun Zhang, Qianghua Zhang, Yunlong Cheng, Jihua Dong, Chunyang Ruan*, Lizhen Cui*, Hao Wu*, Fuzhong Xue*. Signaling repurposable drug combinations against COVID-19 by developing the heterogeneous deep herb-graph method [J]. Briefings in Bioinformatics. 2022, 1-20 DOI: 10.1093/bib/bbac124.（SCI, IF 13.99, 中科院1区, Top期刊）

(5) Pengyu Zhang, Yingfu Wu, Haoru Zhou, Bing Zhou, Hongming Zhang and Hao Wu*. CLNN-loop: A deep learning model to predict CTCF-mediated chromatin loops in the different cell lines and CTCF-binding sites (CBS) pair types. Bioinformatics, 2022, DOI：10.1093/bioinformatics/btac575/6673906 (SCI IF 6.931, 中科院1区，Top期刊)

(4) Haibin Liu, Dianguo Li, Hao Wu*. lncLocator-imb: an imbalance-tolerant ensemble deep learning framework for predicting long non-coding RNA subcellular localization. IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics, 2024, 28(1): 538-547, DOI:10.1109/JBHI. 2023.3292299. (SCI, IF 7.702, 中科院1区，Top期刊)

(3) Pengyu Zhang, Hao Wu*. IChrom-Deep: An Attention-Based Deep Learning Model for Identifying Chromatin Interactions. IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics, 2023, 27(9): 4559-4568, DOI:10.1109/JBHI.2023.3292299. (SCI, IF 7.702, 中科院1区，Top期刊)

(2) Zhenqi Shi, Hao Wu*. CTPredictor: A comprehensive and robust framework for predicting cell types by integrating multi-omic features from single-cell Hi-C data. Computers in Biology and Medicine. 2024. DOI: 10.1016/j.compbiomed.2024.108336 （SCI, IF 7.7, 中科院1区, Top期刊）

(1) Hao Wu*, Biting Liang, Zhongli Chen, Hongming Zhang. MultiSimNeNc: A network representation learning-based module identification method by network embedding and clustering. Computers in Biology and Medicine, 2023. DOI: 10.1016/j.compbiomed.2023.106703.（SCI, IF 7.7, 中科院1区,Top期刊）

分别参加在中国、新西兰举行的国际会议并做学术报告30余次，特邀大会报告20余次；编写教材和专著3本；申请发明专利20部，软件著作权10余部。

Education

2012.9 -- 2016.12

西安电子科技大学 Computer Applications Technology 研究生 Doctor 西安电子科技大学计算机学院师从高琳教授从事生物大数据挖掘、计算生物信息学、深度学习、机器学习等方向的研究。

Social Affiliations

2016.1 -- Now

中国计算机协会（CCF）高级会员（No.73301M），中国计算机协会（CCF）专委会委员

2021.4 -- Now

人工智能学会生命与健康协会终身会员（BIIP，No.E661506634M），人工智能学会生命与健康专委会委员

2021.5 -- Now

中国生物工程学会计算生物学与生物信息学协会会员（No.E441504848Z），中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委委员

2021.10 -- Now

山东生物信息学学会理事，自建立该协会之初，协助秘书长工作，举办会议等

2019.4 -- Now

担任SCI期刊“Current Genomics”和“CPQ Cancer”的客座编辑

2017.2 -- Now

担任SCI期刊《Transactions on Computational Biology and Bioinformatics》，《Briefings in Bioinformatics》，《IEEE　Access》等十余个国际期刊及《计算机科学》、《广西师范大学学报》、《农业大数据学报》等二十多个国内核心期刊审稿专家。