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个人信息Personal Information
教授 博士生导师 硕士生导师
性别：男
毕业院校：清华大学
学历：博士研究生毕业
学位：博士生
在职信息：在职
所在单位：生命科学学院
入职时间：2022-12-12
学科：生物化学与分子生物学
计算机应用技术
遗传学
计算数学
细胞生物学
办公地点：山东大学青岛校区第周苑F-123
电子邮箱：
其他联系方式Other Contact Information
邮箱 :
个人简介Personal Profile
孙磊：教授，博士/硕士生导师，国家自然科学基金优秀青年科学基金，山东省自然科学基金青年基金（A类）获得者（原山东省杰青），山东省“泰山学者”青年专家，山东大学“齐鲁青年学者”，山东大学“杰出中青年学者”。
本科毕业于山东大学泰山学堂，在清华大学获得博士学位，并进行博士后研究。于2022年底加入山东大学生命科学学院作为独立PI，建立RNA系统生物学实验室。
我们实验室主要通过整合分子生物学，系统生物学以及人工智能的方法，利用测序的方法研究RNA结构对转录后调控的影响，并应用在RNA疫苗设计、RNA病毒药物开发等方面。在RNA结构组领域取得一系列重要成果，相关工作以第一作者或共同通讯作者发表在Cell，Nature Methods，Cell Research，Nature Structural & Molecular Biology，Nucleic Acids Research等杂志。担任
Genomics, Proteomics & Bioinformatics、Advanced Biotechnology、iMeta等期刊青年编委；担任Nature Communications、Nucleic Acids Research等期刊审稿专家。孙磊博士曾获得清华大学优秀博士后，清华-北大生命联合中心特等博士后、泰山学者青年专家等奖励，获得国家自然科学基金、山东省自然科学基金、博士后基金、重点实验室开放基金等基金支持。
作为一个交叉实验室，我们既欢迎做湿实验的同学，也欢迎做分析的同学。同时，我们与“数学与交叉科学研究中心”联合招收具有数学、计算机研究背景的博士生。我们团队正在寻找对RNA结构、RNA调控、生物信息学分析和人工智能感兴趣的硕士、博士、博士后和研究助理。
Selected Publications (# 第一作者，*通讯作者)：
1. Mizrahi O.#, M. Corley#, O. Feldman#, T. Fröhlking#, L. Sun#, A. Ziesel#, M.Antczak, M. Bernetti, S. I Elhajjajy, W. Huang, G. Nguyen, S. Park, R.Martell, L. Trinity, K. Xu, T. Zok, G. Bussi, H. Jabbari, Y. Orenstein, S. Aviran, M. Meyer, G. Yeo. Evaluation of novel computational methods to identify RNA-binding protein footprints from structural data, RNA. 080215.124 (2025).
2. Lu S.#, Y. Tang#, S. Yin, L. Sun*. RNA structure: implications in viral infections and neurodegenerative diseases. Advanced Biotechnology, 2(3), (2024).
3. Xu, Y. #, J. Zhu#, W. Huang#, K. Xu, R. Yang, Q.C. Zhang*, and L. Sun*. PrismNet: predicting protein–RNA interaction using in vivo RNA structural information. Nucleic Acids Research, gkad353 (2023).
4. Zhang, J. #, Y. Fei#, L. Sun*, Q.C. Zhang *. Advances and opportunities in RNA structure experimental determination and computational modeling, Nature Methods 19 (10), 1193-1207 (2022).
5. Sun, Lei #, P. Li#, X. Ju#, J. Rao#, W. Huang#, L.Ren, S. Zhang, T. Xiong, K. Xu, X. Zhou, M. Gong, E. Miska, Q. Ding *, J. Wang *, Q.C. Zhang *. In vivo structural characterization of the whole SARS-CoV-2 RNA genome identifies host cell target proteins vulnerable to re-purposed drugs. Cell, 184, 1865-1883. (2021).
6. Sun, L. #, K. Xu#, W. Huang #, Y.T. Yang#, P. Li, L. Tang, T. Xiong, and Q.C. Zhang. Predicting dynamic cellular protein-RNA interactions using deep learning and in vivo RNA structure. Cell Research, 31(5), 495-516, (2021).
7. Sun, L.#, F. M. Fazal#, P. Li#, J. P. Broughton, B. Lee, L. Tang, W. Huang, E. T. Kool, H. Y. Chang* and Q. C. Zhang* "RNA structure maps across mammalian cellular compartments." Nature Structural & Molecular Biology, 26 (4), 322-330 (2019).