教师简介

许一菲,博士、教授、博士生导师、山东省海外优青、山东大学齐鲁青年学者(第一层次)。2017-2020年任英国牛津大学医学院生物信息、计算生物研究员,2016年于美国密西西比州立大学获生物信息学博士学位。


以科技创新服务人民生命健康为使命,从事病原生物信息学研究,在传染病病原检测与溯源追踪等方面开展了系统性原始创新研究。1)在技术创新上,创建了以纳米孔宏基因组测序、云端高通量生物信息分析、病原特性人工智能预测为技术核心,以实时和智慧为特色的病原检测技术应用平台。2)在基础研究上,揭示了新型H7N8禽流感等多种病毒的起源和分子进化机制;阐释了山东奥密克戎疫情的传播规律。3)在转化应用上,发现了全国第三例、山东首例新冠英国变异株病例;助力牛津大学团队研发了全球首套基于全基因组测序的大型疾病诊断系统,经英国公共卫生署推广成为全英肺结核检测的常规方法。


主持山东省优秀青年科学基金(海外)、山东大学集成攻关团队(中央高校基本科研业务费专项资金资助)等5项课题,参与了美国国立卫生研究院和英国国家卫生研究院的多项课题。公开发表学术论文30余篇,主要代表性成果以通讯和第一作者发表于Eurosurveillance(IF 21.286),Nucleic Acids Research(IF 19.160),Journal of Infection(IF 38.637),Journal of Clinical Microbiology(IF 11.677, 2篇),Journal of Virology(IF 6.549),Journal of Travel Medicine(IF 39.194)等领域内主流学术期刊。以第一发明人申请国家发明专利1项。获美国密西西比州立大学科研奖、美国中南生物信息学会口头报告奖。任iMeta、Infectious Medicine、Frontiers in Genetics等国际学术期刊编委(青年编委),Bioinformatics、Trends in Biotechnology等20个国际学术期刊审稿人,山东省公共卫生学会传染病防控分会副主任委员,中国畜牧兽医学会高级会员,山东省感染发热疾病诊疗专科联盟mNGS技术总顾问。


欢迎具备生物信息学、流行病与卫生统计、病原微生物、计算机等相关学科背景的助理研究员、博士后、博士、硕士、本科生加入我们的研究团队!“众里寻他千百度。蓦然回首,那人却在,灯火阑珊处。”


教育经历
  • 2012-8 — 2016-12
    美国密西西比州立大学
工作经历
  • 2017-4 — 2020-1
     英国牛津大学 
  • 2020-1 — 2020-11
     英国牛津大学 
研究方向
论文

(1) Nanopore metagenomic sequencing of influenza virus directly from respiratory s amples: diagnosis, drug resistance and nosocomial transmission, United Kingdom, 2018/19 influenza season.Eurosurveillance (IF 21.286).2021

(2) Frequent reassortment and potential recombination shape the genetic diversity of influenza D viruses.Journal of Infection (IF 38.637).2021,82 (5):E36

(3) SARS-CoV-2 Variant of Concern 202 012/01 (B.1.1.7)in a traveller from the UK to China.JOURNAL OF TRAVEL MEDICINE (IF 39.194).2021 (taab032)

(4) Nanopore metagenomic sequencing to investigate nosocomial transmission of human metapneumovirus from a unique genetic group among haematology patients in the United Kingdom.Journal of Infection (IF 38.637).2020

(5) NanoSPC: a scalable, portable, cloud compatible viral nanopore metagenomic data processing pipeline.Nucleic Acids Research (IF 19.160).2020

(6) DNA Thermo-Protection Facilitates Whole Genome Sequencing of Mycobacteria Direct from Clinical Samples.Journal of Clinical Microbiology (IF 11.677).2020

(7) Metagenomic Nanopor e Sequencing of Influenza Virus Direct from Clinical Respiratory Samples.Journal of Clinical Microbiology (IF 11.677).2019

(8) Detection of Viral Pathogens With Multiplex Nanopore MinION Sequencing: Be Careful With Cross-Talk.Frontiers in Microbiology (IF 6.064).2018

(9) Low-Pathogenic Influenza A Viruses in North American Diving Ducks Contribute to the Emergence of a Novel Highly Pathogenic Influenza A(H7N8) Virus.Journal of Virology (IF 6.549).2017

(10) Identification of the source of A (H10N8) virus causing human infection.Infection, Genetics and Evolution (IF 4.393).2015

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