教师简介

许一菲:1988年生;博士、教授、博士生导师、泰山学者青年专家、山东省海外优青、山东大学齐鲁青年学者(第一层次)、山东省高等学校青年创新团队带头人。2016年于美国密西西比州立大学获生物信息学博士学位,2017-2020年任英国牛津大学生物信息、计算生物研究员,2020年任山东大学教授、博导。


以科技创新服务人民生命健康为使命,从事病原生物信息学与基因组流行病学研究,在传染病病原检测与溯源追踪等方面开展了系统性原始创新研究。1)在技术创新上,创建了以三代纳米孔宏基因组测序、云端高通量生物信息分析、病原特性人工智能预测为技术核心,以实时和智慧为特色的病原检测技术应用平台。2)在基础研究上,揭示了新型H7N8等多种禽流感病毒的起源和分子进化机制;阐释了山东新冠奥密克戎疫情的传播规律。3)在服务应用上,监测山东省突发疫情,如发现了全国第三例、山东首例新冠英国变异株病例;助力牛津大学团队研发了全球首套基于全基因组测序的大型疾病诊断系统,推广为全英肺结核检测常规方法。


主持国家自然科学基金面上项目、山东省优秀青年科学基金(海外)、教育部春晖计划国际合作项目等课题,承担国家重点研发计划重点专项(课题骨干)等多项课题。主要代表性成果以通讯和第一作者发表于Eurosurveillance(IF 21.286),Nucleic Acids Research(IF 19.160),Journal of Infection(IF 38.637),Journal of Clinical Microbiology(IF 11.677, 2篇),Journal of Virology(IF 6.549),Journal of Travel Medicine(IF 39.194)等领域内主流学术期刊。以第一发明人申请国家发明专利3项。获美国密西西比州立大学科研奖、美国中南生物信息学会口头报告奖。


任中国野生动物保护协会野生动物疫源疫病专委会副秘书长,山东省公共卫生学会传染病防控分会副主任委员,山东省基层卫生协会检验分会副主任委员,中国畜牧兽医学会高级会员,山东省感染发热疾病诊疗专科联盟特聘专家,济南预防医学会卫生检验专委会特聘专家,济南市科协科技创新智库专家服务团成员,兽类学报iLABMED期刊编委hLifeInfectious Medicine、Zoonoses期刊青年编委,Microbiology Spectrum期刊学术编辑,PLOS PathogensBioinformatics、Trends in Biotechnology、Applied and Environmental Microbiology等25个国际学术期刊审稿人


欢迎具备流行病与卫生统计、生物信息学、病原微生物等相关学科背景的助理研究员、博士后、博士、硕士、本科生加入我们的研究团队!“众里寻他千百度。蓦然回首,那人却在,灯火阑珊处。”


教育经历
  • 2012-8 — 2016-12
    美国密西西比州立大学
    博士
工作经历
  • 2020-11 — 至今
     山东大学 
    教授、博士生导师
  • 2020-01 — 2020-11
     英国牛津大学 
    计算生物研究员
  • 2017-04 — 2020-01
     英国牛津大学 
    生物信息研究员
研究方向
论文成果

(1) Metagenomic sequencing reveals viral diversity of mosquitoes from Shandong Province, China.Microbiology Spectrum (IF 3.7).2024

(2) Molecular epidemiology and genetic diversity of norovirus among hospitalized patients with acute gastroenteritis in Shandong, China, 2016–2018.Journal of Medical Virology (IF 12.7).2023

(3) Transmission of SARS-CoV-2 Omicron variant under a dynamic clearance strategy in Shandong, China.Microbiology Spectrum (IF 9.043).2023

(4) Nanopore metagenomic sequencing of influenza virus directly from respiratory s amples: diagnosis, drug resistance and nosocomial transmission, United Kingdom, 2018/19 influenza season.Eurosurveillance (IF 21.286).2021

(5) Frequent reassortment and potential recombination shape the genetic diversity of influenza D viruses.Journal of Infection (IF 38.637).2021,82 (5):E36

(6) SARS-CoV-2 Variant of Concern 202 012/01 (B.1.1.7)in a traveller from the UK to China.JOURNAL OF TRAVEL MEDICINE (IF 39.194).2021 (taab032)

(7) Nanopore metagenomic sequencing to investigate nosocomial transmission of human metapneumovirus from a unique genetic group among haematology patients in the United Kingdom.Journal of Infection (IF 38.637).2020

(8) NanoSPC: a scalable, portable, cloud compatible viral nanopore metagenomic data processing pipeline.Nucleic Acids Research (IF 19.160).2020

(9) DNA Thermo-Protection Facilitates Whole Genome Sequencing of Mycobacteria Direct from Clinical Samples.Journal of Clinical Microbiology (IF 11.677).2020

(10) Metagenomic Nanopore Sequencing of Influenza Virus Direct from Clinical Respiratory Samples.Journal of Clinical Microbiology (IF 11.677).2019

(11) Detection of Viral Pathogens With Multiplex Nanopore MinION Sequencing: Be Careful With Cross-Talk.Frontiers in Microbiology (IF 6.064).2018

(12) Low-Pathogenic Influenza A Viruses in North American Diving Ducks Contribute to the Emergence of a Novel Highly Pathogenic Influenza A(H7N8) Virus.Journal of Virology (IF 6.549).2017

(13) Identification of the source of A (H10N8) virus causing human infection.Infection, Genetics and Evolution (IF 4.393).2015

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